جستجو در کتاب ها   جستجو در مقالات   جستجو در کل سایت
تاریخ ثبت : دوشنبه 27 خرداد 1398 ساعت 06 : 14     میکروب شناسی جاوتز
بخش 1 مبانی میکروب شناسی - فصل 3 رده ‌بندى باكترى ‌ها

فصل 3  رده بندى باكترى ها

 

برای مطالعه سایر فصل های کتاب میکروب شناسی پزشکی جاوتز

(جهاندیده و جهاندیده)

بر روی فهرست کتاب

کلیک نمائید.

تاكسونومى -  واژه نامه ميكروب شناسى پزشكى

هر كسى كه تنها فهرست اين كتاب را مرور نمايد، تنوع پاتوژن هاى پزشكى مرتبط با بيمارى هاى عفونى را در مى يابد. تخمين زده مىشود كه ما در حال حاضر از ظرفيت شناسايى كمتر از 10 درصد از پاتوژن هاى مسبب بيمارى هاى انسانى برخورداريم، كه اين مسأله به دليل ناتوانى كنونى ما در كشت اين ارگانيسم ها يا هدف قرار دادن آنها با استفاده از كاوشگر هاى ملكولى است. با اين وجود، گوناگونىِ حتى اين پاتوژن هاى قابل شناسايى آنچنان زياد است كه دانستن تفاوت هاى ظريف مرتبط با هر عامل عفونى اهميت پيدا مى كند. پى بردن به اين ظرافت ها به اين علت مهم مى باشد كه هر كدام از اين عوامل عفونى به طور خاص با يك راه (راه هاى) سرايت، يك مكانيسم ايجاد عفونت در ميزبان انسانى (كلونيزاسيون) و يك مكانيسم ايجاد بيمارى (آسيب شناسى) وفق يافته اند. به خودى خود، يك واژه نامه دائماً دانشجويان، ميكروب شناسان و كاركنان بخش بهداشت را از خصوصيات منحصر به فرد ارگانيسم هاى عفونى آگاه مى سازد. اين آگاهى به منظور جلوگيرى از نابسامانى اى كه مى تواند در نتيجه ی نبود محدوديتهاى سازمانى تاكسونومى باكتريايى روى دهد، حياتى است. تاكسونومى (رده بندى شناسى يا دانش رده بندى) از لغت يونانى تاكسون به معناى آرايش يا ترتيب گرفته شده است؛ براى مثال، رده بندى ارگانيسم ها در يك سيستم منظم كه يك ارتباط طبيعى را نشان دهد.

   شناسايى (identification)، رده بندى (classification) و نامگذارى (nomenclature) سه بخش مجزا اما مرتبط به هم در تاكسونومى هستند. ردهبندى، طبقه بندى ارگانيسم ها درون گروه هاى تاكسونوميك است. ردهبندى باكترى ها نيازمند تكنيك هاى تجربى و مشاهده اى مىباشد، زيرا اطلاع از خصوصيات بيوشيميايى، فيزيولوژيكى، ژنتيكى و مورفولوژيكى جهت توصيف درست از يك تاكسون ضرورى است. نامگذارى، به گذاردن نام روى يك ارگانيسم بر طبق خصوصيات آن، به واسطه قوانين بين المللى (وضع شده توسط گروهی از افراد مجرب كادر پزشكى) اشاره دارد. شناسايى، به استفاده عملى از طرح رده بندى اشاره مى نمايد : (1) جدا سازى و تشخيص ارگانيسم مورد نظر از ساير ارگانيسم ها، (2) اثبات خصوصيات واقعى يا اختصاصى يك كشت در زمينه بالينى، و (3) جدا نمودن و شناسايى عامل مسبب بيمارى. مورد آخر ممكن است به انتخاب درمان هاى دارويى اختصاصى براى ريشه كنى عامل بيمارى، انتخاب واكسن براى كاهش آسيب، يا يك معيار بهداشت عمومى كه از سرايت جلوگيرى  كند (مانند شستشو) بيانجامد.

    طرح هاى شناسايى متفاوت از طرح هاى رده بندى اند، هرچند ممكن است تشابهات ظاهرى وجود داشته باشد. يك طرح شناسايى براى يك گروه از ارگانيسم ها تنها پس از آنكه گروه نخست رده بندى شد، يعنى مشخص گرديد كه آن گروه متفاوت از ساير ارگانيسم ها است، مى تواند طراحى گردد. براى مثال، يك مقاله ی پزشكى اشريشياكولى را به عنوان عامل سندرم ادرار خونى (HUS) گزارش نمود. صد ها سويه متفاوت كه به عنوان اشريشياكولى رده بندى شده اند وجود دارد، اما تنها تعداد اندكى از آنها با HUS در ارتباط هستند. اين سويه ها مى توانند به واسطه واكنش پذيرى آنتى بادى با آنتى ژن هاى O و H آنها، از بسيارى از سويه هاى اشريشياكولى باز شناخته شوند، كه در فصل 2 شرح آن گذشت (براى نمونه، اشريشياكولى  7H:157O). تاكسونومى و نامگذارى كه آن را همراهى مى نمايد، يك علم تكاملى است. درست همانند واژه نامه اجتماعى ما كه با گذر زمان رو به تكامل مى رود، واژه نامه ميكروب شناسى پزشكى نيز در مسير تكامل است. هر كسى كه كار او با بيمارى هاى عفونى ارتباط دارد، بايد از تاكسونومى تكاملى ميكروارگانيسم هاى عفونى آگاه گردد.

    طبقات تاكسونوميك زير بناى سازمان بندى باكترى ها مى باشند. تاكسونومى لينه آشنا ترين سيستم براى زيست شناسان است. اين سيستم از طبقات تاكسونوميك رسمى استفاده مى كند، كه به ترتيب عبارتند از : سلسله (kingdom)، شاخه (phylum)، رده (class)، راسته (order)، خانواده (family)، جنس (genus) و گونه (species). طبقات پايين تر با توافق كارشناسان در انجمن علمى به تأييد مى رسند. از ميان اين طبقات، خانواده، جنس و گونه سودمند تر هستند (جدول 1-3 را ببينيد).

 

جدول 1-3. طبقات تاكسونوميك

طبقه رسمى    

مثال

سلسله

پروكاريوت

تقسيم

گراسيليكيوت

رده

اِسكوتوباكتريوم ها

راسته

باكترى هاى حقيقى

خانواده

انتروباكترياسه

جنس

اشريشيا

گونه

كولى

ساب تايپ

اشريشياكولى  7H:157O

 

معيار هاى رده بندى باكترى ها

رشد بر روى محيط

معيار هاى مناسب جهت رده بندى باكترى ها شامل بسيارى از خصوصياتى است كه در فصل گذشته به توصيف آنها پرداخته شد. يك معيار، رشد بر روى محيط هاى باكتريولوژيكى است. برخلاف ويروس ها و انگل ها، بسيارى از پاتوژن هاى باكتريايى را مىتوان بر روى محيط هاى جامد حاوى آگار جدا نمود. كشت كلى باكترى ها نيازمند محيط هايى است كه از نظر نوتريئنتهاى متابوليكى غنى باشند. به طور كلى، تركيب شيميايى اين  محيطها دقيقاً شناخته شده نيست. در آنها مواد با منشأ بيولوژيكى وجود دارد. از آنجايى كه تركيب اين محيط ها تعريف نشده است، با عنوان محيط هاى پيچيده (complex media) اشاره مى شوند.

    نمونه هاى بالينى گرفته شده از نواحى غير استريل (مانند حلق و روده بزرگ) از بيش از يك نوع ارگانيسم، شامل پاتوژن هاى بالقوه و فلور هاى ميكـروبى مقيم بـرخوردار اند. محيط هـا مى توانند غيـر انتخـابى (nonselective) يا انتخابى (selective) باشند و از آنها براى فرق نهادن ميان باكترى هاى گوناگون در يك نمونه بالينى مملو از تعداد زيادى ارگانيسم متفاوت استفاده مى گردد.

 

الف) محيط هاى غير انتخابى

بلاد آگار و شكلات آگار مثال هايى از محيط هاى پيچيده غير انتخابى هستند كه از رشد بسيارى از باكترى هاى مختلف حمايت مى كنند. این محیط ها برای کشت گونه های بسیاری که احتمال کشت آنها می رود، در نظر گرفته می شوند، بنابراین انواع متعددی از کلنی های باکتریایی را به وجود می آورند.

 

ب) محيط هاى انتخابى

به دليل تنوع ميكروارگانيسمهايى كه معمولاً در نواحى نمونه بردارى (مانند پوست، دستگاه تنفسی، روده ها، واژن) سكونت دارند، از محيط هاى انتخابى جهت زدودن (يا كاهش) تعداد زيادى از باكترى هاى نامربوط در اين نمونه ها استفاده مىشود. مبناى محيط هاى انتخابى قرار دادن يك عامل مهارى در آن است كه به طور اختصاصى عليه رشد باكترى هاى نامربوط انتخاب شده است. مثال هايى از اين عوامل عبارتند از :

  • آزيد سديم — براى باكترى هاى گرم مثبت در برابر باكترى هاى گرم منفى انتخاب مى گردد؛
  • نمك هاى صفراوى (مانند دِاكسى كولات سديم) — براى باكترى هاى روده اى گرم منفى انتخاب مى شود، و از رشد باكترى هاى مخاطى گرم منفى و اكثر باكترى هاى گرم مثبت جلوگيرى مى كند؛ و
  • كليستين و ناليديكسيك اسيد — رشد بسيارى از باكترى هاى گرم منفى را مهار مى نمايد.

 

    مثال هايى از محيط هاى انتخابى عبارتند از: مك كانكى آگار (داراى صفرا) كه براى انتروباكترياسه ها انتخاب مى شود، و CNA بلاد آگار (داراى كليستين و ناليديكسيك اسيد) كه براى استافيلوكوكوس ها و استرپتوكوكوس ها انتخاب مى گردد.

 

پ) محيط هاى افتراقى

بعد از كشت، برخى از باكترى ها رنگدانه هاى مشخصى را توليد مى كنند، و سايرين مىتوانند بر اساس دسته اى از آنزيم هاى خارج سلولى آنها متمایز گردند؛ به فعاليت اين آنزيم ها اغلب مىتوان در قابل هاله هاى روشن در اطراف كلنى هاى رشد يافته در حضور سوبسترا هاى نامحلول پى برد (مانند هاله هاى هموليز در محيط آگار حاوى گلبول هاى قرمز).

    بسيارى از اعضاى انتروباكترياسه را مىتوان بر پايه توانايى آنها در متابوليزه كردن لاكتوز، از هم تميز داد. براى مثال، سالمونلا و شيگلای پاتوژن لاكتوز را بر روى پليت مككانكى آگار تخمير نكرده و كلنى هاى روشنى را پديد مى آورند، در حالى كه اعضاى تخمير كننده ی لاكتوز در انتروباكترياسه ها (مانند اشريشياكولى) كلنى هاى قرمز يا صورتى رنگ را ايجاد مىنمايند.

تعداد محيطهاى افتراقى (differential media) مورد استفاده در آزمايشگاه هاى بالينى امروزى بسيار بيشتر از محدوده اين فصل است.   

 

بررسى باكترى ها با ميكروسكوپ

از لحاظ تاريخى، رنگ آميزى گرم، همراه با آشكار سازى توسط ميكروسكوپ نـورى، از جمله آموزنده ترين شيوه رده بندى باكترى هـاى حقيقى (يوباكترى ها) است. اين تكنيك رنگآميزى عموماً باكترى ها را بر پايه اختلافات بنيادين در ساختار ديواره سلولى آنها تقسیم می کند (فصل 2 را ببينيد). این روش معمولاً ارائه دهنده ی گام نخست در شناسایی هر نمونه ی میکروبی (برای مثال، گرم مثبت یا گرم منفی؟) است که در کشت رشد کرده است یا حتی مستقیماً از نمونه بیمار (برای مثال، نمونه ی ادرار) گرفته شده است.

 

آزمون هاى بيوشيميايى

آزمون هايى نظیر آزمون اكسيداز، كه از يك پذيرنده مصنوعى الكترون استفاده مى كند، را مىتوان براى تشخيص ارگانيسم ها بر پايه حضور يا غياب يك آنزيم تنفسى، سيتوكروم C، به كار برد كه انتروباكترياسه ها را از ساير باسيل هاى گرم منفى جدا مى سازد. به طور مشابه، فعاليت كاتالاز مىتواند، براى مثال براى تمايز بين كوكوس هاى گرم مثبت مورد استفاده واقع شود؛ گونه های استافیلوکوکوس کاتالاز مثبت اند، در حالی که گونه های استرپتوکوکوس کاتالاز منفی می باشند. چنانچه اثبات گردد ارگانیسم ها کاتالاز مثبت اند (گونه های استافیلوکوکوس)، می توان آنها را، همچنان که در شکل 1-3 نشان داده شده است، به واسطه آزمون کوآگولاز به استافیلوکوکوس اورئوس (کوآگولاز مثبت) یا استافیلوکوکوس اپیدرمایدیس (کوآگولاز منفی) تقسیم کرد.

    سرانجام، مثال هاى متعددى از آزمون هاى بيوشيميايى وجود دارند كه قادرند حضور عملكرد هاى متابوليكى مشخص را اثبات نمايند و براى گروهبندى باكترىها درون يك تاكسون اختصاصى به كار گرفته شوند. فهرست غیر جامعی از آزمون های رایج بیوشیمیای در جدول 2-3 آمده است.

 

رده بندى باكترى ها - تاكسونومى - واژه نامه ميكروب شناسى پزشكى - تنوع پاتوژن هاى پزشكى - كاوشگر هاى ملكولى - كلونيزاسيون - تاكسونومى - رده بندى شناسى - دانش رده بندى - لغت يونانى تاكسون - شناسايى (identification) - رده بندى (classification) - نامگذارى (nomenclature) - مورفولوژيكى - سندرم ادرار خونى (HUS) - واكنش پذيرى آنتى بادى - آنتى ژن هاى O و H - اشريشياكولى 7H:157O - تاكسونومى تكاملى ميكروارگانيسم هاى عفونى - طبقات تاكسونوميك - سازمان بندى باكترى ها - تاكسونومى لينه - طبقات تاكسونوميك رسمى - سلسله (kingdom) - شاخه (phylum) - رده (class) - راسته (order) - خانواده (family) - جنس (genus) - گونه (species) - رشد بر روى محيط - - محيط هاى باكتريولوژيكى - پاتوژن هاى باكتريايى - نوتريئنت هاى متابوليكى - محيط هاى پيچيده (complex media) - محيط هاى غير انتخابى (nonselective) - محيط هاى انتخابى (selective) - بلاد آگار - شكلات آگار - آزيد سديم - نمك هاى صفراوى - داكسى كولات سديم - كليستين - ناليديكسيك اسيد - مك كانكى آگار - CNA بلاد آگار - محيط هاى افتراقى - هاله هاى هموليز - سالمونلا و شيگلای پاتوژن - پليت مككانكى آگار - محيط هاى افتراقى (differential media) - باكترى هـاى حقيقى(يوباكترى ها) - آزمون هاى بيوشيميايى - آزمون اكسيداز- سيتوكروم C - آزمون کوآگولاز - کوآگولاز مثبت - کوآگولاز منفی - تجزیه هیدرات کربن - تولید کاتالاز - آنزیم کاتالاز- پراکسید هیدروژن - استفاده از سیترات - سیترات مثبت نامیده می شوند. کوآگولاز - آنزیم کوآگولاز - فاکتور پلاسما - فیبرینوژن - لخته فیبرین - دکربوکسیلاز ها و دآمیناز ها - کربوکسیلاسیون و دآمیناسیون - سولفید هیدروژن - تولید S2H - ترکیبات گوگرد دار - اندول - واکنش اندول - احیای نیترات - - شکستن O- نیترو فنیل - β-D- گالاکتوزید (ONPG) - آزمون ONPG - تخمیر لاکتوز - β- گالاکتوزید - پرمئاز - ONPG مثبت - لاکتوز منفی - تولید اکسیداز - آزمون های اکسیداز جزء c از کمپلکس سیتوکروم-اکسیداز - تولید پروتئیناز - فعالیت پروتئیناز - تولید اوره آز - اوره آز اوره - آزمون ووگس- پروسکوئر - استیل متیل کاربینول استوئین - مسیر بوتن گلیکول - تخمیر گلوکز -

شکل 1-3. الگوریتم برای تمایز کوکوس های گرم مثبت.

 

جدول 2-3. آزمون های بیوشیمیایی میکروبی رایج که برای فرق نهادن میان باکتری ها استفاده می شوند.

  1. تجزیه هیدرات کربن : توانایی تولید محصولات متابولیکی اسیدی، به طور تخمیری یا اکسیداتیو، از طیفی از هیدرات های کربن (مانند گلوکز، سوکروز، و لاکتوز) برای شناسایی اکثر گروه های باکتریایی به کار گرفته می شود. چنین آزمون هایی در تعریف مکانیسم ها ناقص هستند، اما برای مقاصد تاکسونومیک سودمند اند. اخیراً شناسایی اسید های چربِ زنجیره کوتاهِ اختصاصی که به واسطه تخمیر گلوکز تولید می شوند، در رده بندی بسیاری از باکتری های بی هوازی مفید بوده است.
  1. تولید کاتالاز : آنزیم کاتالاز تبدیل پِراکسید هیدروژن به آب و اکسیژن را کاتالیز می کند. هنگامی که یک کلنی در پراکسید هیدروژن قرار داده شود، آزاد سازی اکسیژن را می توان به صورت حباب های گاز دید. این آزمون مخصوصاً در تمایز استافیلوکوکوس ها (مثبت) از استرپتوکوکوس ها (منفی) سودمند می باشد، اما همچنین برای باکتری های گرم منفی دارای کاربرد تاکسونومیک است.
  1. استفاده از سیترات : یک محیط آگار که دارای سیترات سدیم به عنوان تنها منبع کربن است، ممکن است در توانایی استفاده از سیترات به کار رود. باکتری هایی که روی این محیط رشد می کنند، سیترات مثبت نامیده می شوند.
  1. کوآگولاز : آنزیم کوآگولاز با فاکتور پلاسما وارد عمل شده، فیبرینوژن را به لخته ی فیبرین تبدیل می کند. این آنزیم جهت متمایز ساختن استافیلوکوکوس اورئوس از استافیلوکوکوس های کمتر پاتوژن استفاده می شود.
  1. دِکربوکسیلاز ها و دِآمیناز ها : کربوکسیلاسیون و دآمیناسیونِ اسید های آمینه ی لایزین، اورنیتین، و آرژینین به واسطه ی اثر محصولات آمینو روی pH مخلوط واکنش یا به واسطه ی تشکیل محصولات رنگی، پی برده می شود. این آزمون ها عمدتاً برای باسیل های گرم منفی استفاده   می شوند.
  1. سولفید هیدروژن : توانایی بعضی از باکتری ها در تولید S2H از اسید های آمینه یا از سایر ترکیبات گوگرد دار، در رده بندی تاکسونومیک کمک کننده است. رنگ سیاه نمک های سولفید که با فلزات سنگینی نظیر آهن پدید می آید، راه معمول شناسایی است.
  1. اندول : واکنش اِندول، توانایی ارگانیسم برای تولید اندول، یک بِنزوپیرول، از تریپتوفان را مورد آزمون قرار می دهد. اندول به واسطه ی تشکیل یک رنگ قرمز پس از افزودن شناساگر بنزالدهید پی برده می شود. با استفاده از کلنی های تکی می توان یک آزمون نقطه ای را در چند ثانیه انجام داد.
  1. احیای نیترات : باکتری ها ممکن است نیترات را با چند مکانیسم احیا نمایند. این توانایی با شناسایی نیترات و یا گاز نیتروژنِ شکل گرفته در این فرآیند به اثبات می رسد.
  1. شکستن O- نیترو فنیل - β-D- گالاکتوزید (ONPG) : آزمون ONPG با تخمیر لاکتوز در ارتباط است. ارگانیسم هایی که از β- گالاکتوزیدِ لازم برای تخمیر لاکتوز برخوردار بوده اما فاقد پرمئاز لازم برای ورود لاکتوز به سلول هستند، ONPG مثبت و لاکتوز منفی می باشند.
  1. تولید اکسیداز : آزمون های اکسیداز جزء c از کمپلکس سیتوکروم - اکسیداز را می شناسند. شناساگر های مورد استفاده، به هنگام تبدیل شدن از حالت احیا به اکسید، از روشن به رنگی تغییر می یابند. واکنش اکسیداز معمولاً در یک آزمون نقطه ای، که می تواند به سرعت بر روی کلنی های تکی انجام گیرد، به اثبات می رسند.
  1. تولید پروتئیناز : فعالیت پروتئیناز، به واسطه رشد ارگانیسم در حضور سوبسترا هایی نظیر ژلاتین یا تخم مرغ منعقد پی برده می شود.
  1. تولید اوره آز : اوره آز اوره را هیدرولیز کرده، دو ملکول آمونیاک و یک 2CO را ثمر می دهد. این واکنش می تواند با افزایش pH محیط در اثر آمونیاک پی برده شود. گونه های اوره آز مثبت در مقدار آنزیم تولیدی فرق دارند؛ بنابراین، می توان باکتری ها را به صورت مثبت، ضعیف، یا منفی نشان داد.
  1. آزمون ووگس -  پروسکوئر : آزمون ووگِس - پِروسکوئر، استیل متیل کاربینول (اَسِتوئین)، یک محصول حدواسط در مسیر بوتِن گلیکول از تخمیر گلوکز را می شناسد.
 

آزمون هاى ايمونولوژيكى -  سروتايپ ها، سروگروپ ها و سرووار ها

واژه «سِرو» به طور خلاصه بيانگر استفاده از آنتى بادى هاى (پلى كلونال يا مونو كلونال) واكنش پذير با ساختار هاى اختصاصى سطح سلول باكترى از قبيل ليپو پلى ساكاريد (LPS)، تاژك، يا آنتى ژن هاى كپسولى است. اصطلاحات «سروتايپ»، «سروگروپ» و «سرووار» براى تمام مقاصد عملى يكسان هستند؛ همگى آن ها از اختصاصيت آنتى بادى ها براى زير تقسيمات سويه هاى يك گونه باكتريايى خاص سود مى جويند.

    تحت برخى شرايط (برای مثال، يك اپيدمى)، تشخيص بين سويه هاى يك گونه ی معلوم يا شناسايى سويه اى خاص اهميت پيدا مى كند. اين عمل ساب تايپينگ (تعيين زير نوع) نام دارد و با بررسى جدا شده هاى باكتريايى براى خصوصياتى كه اجازه شناخت زيرِ سطح گونه را مى دهد، انجام مى گيرد. به طور كلاسيك، ساب تايپينگ به واسطه بيوتايپينگ، سروتايپينگ، آزمون حساسيت ضد ميكروبى و باكتريوفاژ تايپينگ به اجرا در مى آيد. براى مثال، بيش از 130 سروگروه از ويبريو كلرا بر اساس تفاوتهاى آنتىژنيكى در پلى ساكاريد O ى LPS شناسايى شده است؛ با اين وجود، تنها سروگروه هاى  1O و  139O با وباى اپيدميك (همه گير) و پاندميك (جهان گير) مرتبط هستند. درون اين سروگروه ها، صرفاً سويههايى كه كلرا توكسين (سم وبا) را توليد كنند، ويرولانت بوده و به بيمارى وبا منتهى مى گردند. در مقابل، سويه هاى غير توكسيژنيك ويبريو كلرا – كه با وباى اپيدميك ارتباط ندارند – از نمونه هاى محيطى، مواد غذايى، و بيماران مبتلا به اسهال اسپوراديك (تك گير) به دست آمده اند.

    تعيين كلون در مورد ميكروارگانيسم هاى به دست آمده از منبع يك شيوع (منبع نقطه اى انتشار)، يك برداشت مهم در اپيدميولوژى بيمارى هاى عفونى است. عوامل مسبب مرتبط با اين شيوع ها عموماً كلونال (عيناً مشابه) هستند؛ به عبارت ديگر، آنها سلول های جدید از يك سلول واحد بوده و بنابراين، براى تمام مقاصد عملى، از لحاظ ژنتيكى يكسان مى باشند. از اين رو، ساب تايپينگ نقش مهمى را در شناخت اين ميكروارگانيسم هاى ويژه ايفا مى كند. پيشرفت هاى اخير در زيست فناورى بر توانايى ما در ساب تايپ ميكروارگانيسم ها افزوده است. تكنولوژى هيبريدوما (فناورى دورگه سازى) به توسعه آنتى بادى هاى مونو كلونال (تك دودمانى) عليه آنتىژن هاى سطحى منجر گشته است، كه براى ايجاد سيستم هاى بسيار استاندارد ساب تايپينگِ مبتنی بر آنتى بادى جهت توصيف سروتايپ هاى باكتريايى به كار مىروند. اين سيستم ها ابزارى مهم براى مشخص ساختن انتشار اپيدميولوژيك عفونت هاى باكتريايى محسوب مى گردند.

    ساير ميكروارگانيسم ها را نمى توان در قالب سروتايپ هاى منحصر به فرد شناسايى كرد. براى نمونه، برخى پاتوژن ها (مانند نيسريا گونوره) به صورت يك تلقيح متشكل از شبه گونه ها (quasispecies) سرايت مى يابند (بدان معنا كه در ميان باكترى هاى حاضر در اين تلقيح، تنوع آنتى ژنى زيادى وجود دارد). در اين موارد، از گروه هاى هيبريدوما، كه واريانت هاى ارگانيسم اصلى را شناسايى مى كنند، براى طبقه بندى سرو واريانت ها يا سرو وار ها استفاده مى شود.

 

ناپايدارى ژنتيكى

ارزش يك معيار تاكسونوميك به گروه بيولوژيكى اى كه مقايسه مى شود بستگى دارد. صفات مشترك در تمام اعضاى يك گروه، يا در هيچكدام از  آنها، را نمى توان براى تشخيص اعضاى گروه استفاده كرد، اما اين صفات ممكن است يك گروه را تعيين كنند (براى مثال، تمام استافيلوكوكوس ها آنزيم كاتالاز را توليد مى نمايند). پيشرفت هاى حاضر در زيست شناسى ملكولى امكان بررسى خويشاوندى ژن ها يا ژنوم ها را به واسطه مقايسه توالى ها در ميان باكترى هاى مختلف فراهم ساخته است. باید توجه نمود که ناپايدارى ژنتيكى مى تواند صفاتى را ايجاد كند كه درون يك گروه بيولوژيك يا حتى درون يك گروه تاكسونوميك خاص بسيار تغيير پذير هستند. براى مثال، ژن هاى مقاومت آنتى بيوتيكى يا ژن هاى به رمز درآورنده آنزيم ها (براى استفاده از لاكتوز و غيـره) ممكن است بـر روى پلاسميد هـا يـا باكتريوفاژ ها حمل شوند (فصل 7 را ببینید). پلاسميد ها عناصر ژنتيكى خارج كروموزومى اند كه ممكن است در بين باكترى هاى ناخويشاوند انتقال يابند، يا ممكن است از زيرمجموعه اى از سويه هاى باكتريايى كه در ساير جنبه ها يكسان مى باشند، از دست بروند. كشت دادن بسيارى از ارگانيسم ها دشوار است. در اين موارد، تكنيك هايى كه از سنجش هيبريديزاسيون اسيد نوكلئيك يا آناليـز توالىDNA  براى آشكار نمودن خويشاوندى ها استفاده مى كنند، ممكن است يك ارزش به حساب آيند.

 

 سيستم هاى رده بندى

كليد های دوگانه

كليد های دوگانه صفات باكتريايى را در شيوه اى سازمان مى بخشند كه اجازه شناسايى مؤثر ارگانيسم ها را بدهد. يك سيستم ايده آل بايد از تعداد حداقل اى از مشخصه هاى لازم براى شناسايى صحيح برخوردار باشد. گروه ها بر اساس حضور (+) يا غياب (-) يك شاخص تشخيصى به زير گروه هاى كوچك تر مى شكافند. ادامه ی اين روند با مشخصه هاى متفاوت، محقق را به كوچك ترين زير گروه تعريف شده حاوى ارگانيسم مورد بررسى سوق مى دهد. در مراحل آغازين اين فرآيند، ارگانيسم ها ممكن است بر طبق ويژگى هايى كه بازتاب ارتباطات ژنتيكى نيست، در زير گروه هايى گنجانده شوند. براى مثال، براى يك كليد باكتريايى كاملاً منطقى است كه گروهى نظير «باكترى هاى ايجاد كننده پيگمان قرمز» را به وجود آورد، گرچه در اين گروه اشكال ناخويشاوندى مانند سِراشيا مارسِسِنس (فصل 15 را ببینید) و باكترى هاى فتوسنتزى ارغوانى (فصل 6 را ببینید) جاى گيرند. اين دو باكترى كه در كنار هم قرار گرفته اند، در زيستگاه هاى متفاوتى حضور داشته و متابوليسم انرژى كاملاً متفاوتى دارند. با اين حال، گروه بندى اوليه آنها مىتواند سودمند واقع شود، زيرا بى درنگ اين امكان را براى محقق فراهم مى سازد تا با شناسايى يك كشت حاوى پيگمان قرمز، بررسى خود را به طيف خاصى از احتمالات محدود نمايد. مثالی از یک کلید دوگانه در شکل 1-3 نشان داده شده است.

 

تاكسونومى عددى با استفاده از معیار های بیوشیمیایی فعالیت

تاكسونومى عددى (numerical taxonomy) به طور گسترده در دهه 1970 مورد استفاده قرار گرفت. اين رده بندى با استفاده از تعداد زيادى خصوصيت مفيدكه از لحاظ تاكسونومى بى اهميت هستند (غالباً بيش از 100 خصـوصيت) طـراحـى مى گـردد. شـاخص پـروفـايـل تحليلى يا API (Analytical Profile Index) شيوه اى است كه معمولاً براى شناسايى طيف وسيعى از ميكروارگانيسم ها به كار مى رود. API ها شامل تعدادى  نوار هاى پلاستيكى اند، كه هر كدام حدود 20 اتاقك بسيار كوچك داشته كه در آنها شناساگر بيوشيميايى قرار دارد (شکل 2-3). تقريباً تمام گروه هاى باكتريايىِ قابل كشت و بيش از 550 گونه متفاوت را مىتوان با استفاده از نتايج آزمـون هاى API شناسايى كرد. اين سيستـم هاى شناسايى داراى پايگاه هاى داده جامعى از واكنش هاى بيوشيميايى ميكروبى مى باشند. دستجات عددى به دست آمده از اين آزمون ها، سويه هاى مختلف را در سطوح انتخابى از روى شباهت هاى كلى (معمولاً بیشتر از 80% در سطح گونه) بر پايه ی فراوانى صفات مشترك ميان آنها، شناسايى مى كنند. بعلاوه، رده بندى عددى درصد فراوانى ويژگى مثبت را براى تمام سويه هاى درون هر دسته در اختيار مى گذارد. محدوديت اين شيوه آن است كه يك سيستم ثابت (استاتيك) بوده، نمى توان آن را براى تكامل باكترى ها و كشف روتين پاتوژن هاى باكتريايى جديد تعميم داد.

 

شکل 2-3. آزمون APITM نشان می دهد که چگونه باکتری ها می توانند به کمک یک سری از آزمون های بیوشیمیایی، متمایز گردند. هر اتاقک کوچک،               در بر دارنده یک پودر دهیدراته است که می تواند از یک کشت باکتریایی تلقیح شود. پس از انکوباسیون، تغییرات رنگی می توانند از نظر عدد نمره بگیرند تا شماره ای ایجاد شود که با گونه و جنس باکتریایی خاصی جور باشد.

شکل 2-3. آزمون APITM نشان می دهد که چگونه باکتری ها می توانند به کمک یک سری از آزمون های بیوشیمیایی، متمایز گردند. هر اتاقک کوچک، در بر دارنده یک پودر دهیدراته است که می تواند از یک کشت باکتریایی تلقیح شود. پس از انکوباسیون، تغییرات رنگی می توانند از نظر عدد نمره بگیرند تا شماره ای ایجاد شود که با گونه و جنس باکتریایی خاصی جور باشد.

 

تاكسونومى مبتنی بر اسيد نوكلئيك

از سال 1975، پيشرفت ها در جدا سازى، تقويت، و تعيين توالى اسيد نوكلئيك، انگيزه اى جهت تكامل سيستم هاى ساب تايپينگ بر پايه اسيد نوكلئيك گرديد. اين سيستم ها عبارتند از آناليز پروفايل پلاسميد، آناليز اندونوكلئاز تحديدى، آنالیز توالی تکراری، ريبو تايپينگ، و تعیین توالی ژنومی. این شیوه ها به طور جداگانه در زیر بحث شده اند.

 

آناليز پلاسميد

پلاسميد ها عناصر ژنتيكى خارج كروموزومى اند (فصل 7 را ببینید). آنها را می توان از یک باكترى جدا ساخت و سپس توسط الكتروفورز روى ژل آگاروز تفكيك نمود تا تعداد و اندازه آنها تعيين شود. نشان داده شده است كه تجزيه و تحليل پلاسميد جهت بررسى شيوع هاى محدود در زمان و مكان (مانند شيوع در يك بيمارستان) بسيار سودمند است، به ويژه هنگامى كه اين روش با ساير شيوه هاى شناسايى ادغام گردد.

 

آناليز اندونوكلئاز تحديدى

استفاده از آنزيم هاى تحديدى (restriction enzymes) براى شكافتن DNA به قطعات مجزا يكى از اساسى ترين شيو هها در زيست شناسى ملكولى است. اندونوكلئاز هاى تحديدى توالى هاى كوتاه DNA (توالى تحديدى) را شناسايى كرده، و DNA دو رشتهاى را درون يا مجاور اين توالىها برش مى زنند. طول توالى هاى تحديدى بين 4 تا بيش از 12 باز تفاوت داشته و در سرتاسر كروموزوم باكتريايى وجود دارند. آنزيم هاى تحديدى اى كه توالى هاى كوتاه (براى مثال، 4 جفت بازى) را شناسايى مىكنند، غالباً از آنزيم هايى كه توالى هاى بلند تر (براى مثال، 12 جفت بازى) را مى شناسند، بيشتر هستند. بنابراين، آنزيم هاى شناسايى كننده   توالىهاى كوتاه، نسبت به آنزيم هايى كه به ندرت توالى هاى بلند DNA را پديد مى آورند، قطعات بيشترى را توليد خواهند نمود. در چند شيوه ی سابتايپينگ، DNA هضم شده توسط اندونوكلئاز تحديدى مورد استفاده قرار مى گيرد. یک شيوه شامل جداسازی پلاسمید، که عموماً اندازه چند کیلوبازی دارد، و هضم این اسید نوکلئیک با یک آنزیم تحدیدی است. پس از برش آنزیمی، قطعات تکه تکه شده پلاسمید با استفاده از الکتروفورز روی ژل آگاروز مجزا می گردند. از آنجایی که پلاسمید ها ماده ژنتیکی ای را حمل می کنند که مستقیماً در بیماری نقش داشته و از یک ارگانیسم به دیگری حرکت می نماید، حضور یک قطعه مشترک ممکن است تأیید کند که یک جدا شده ی اختصاصیِ باکتریایی مشابه با سایر جدا شده های مرتبط با یک شیوع است.

    شیوه دیگر شامل آنالیز DNA ی ژنومی است، که اندازه چند مگا بازی دارد. در این مورد، آن دسته از اندونوکلئاز های تحدیدی به کار برده می شوند که جایگاه های تحدیدی ای را برش می زنند که به ندرت در ژنوم باکتریایی وجود دارند. هضم DNA به كمك اين آنزيم ها معمولاً به توليد 20-5 قطعه با طول هاى تقريبى 800-10 كيلو باز مى انجامد. تفكيك چنين قطعات بزرگى از DNA با تكنيكى موسوم به ژل الكتروفورز با ميدان پالس دار يا PFGE (pulsed field gel electrophoresis)، كه نيازمند تجهيزات ويژه است، امكان پذير مى گردد. از لحاظ تئورى، تمام جدا شده هاى باكتريايى را مىتوان با استفاده از اين شيوه، تايپ (تعيين نوع) كرد. مزيت اين روش آن است كه پروفايل تحديدى شامل تعداد اندكى باندِ به خوبى تفكيك يافته است كه كروموزوم باكتريايى كامل را در يك الگوی قطعه DNA ی واحد به نمايش مى گذارند.

 

آنالیز ژنومی

استفاده روتین از تعیین توالی DNA اجازه مقایسه دقیق توالى هاى واگرای DNA را می دهد، که مى تواند معيارى براى خويشاوندى آنها باشد. ژن هاى مرتبط با عملكرد هاى متفاوت، نظير ژن هايى كه آنتى ژن هاى سطحى را براى گريز از نظارت سيستم ايمنى به رمز در مى آورند نسبت به ژن هاى «خانه دارى» (housekeeping genes) نظير ژن هاى كد كننده كروموزوم ها، در ميزان هاى متفاوتى واگرا هستند. بنابراين، از اختلافات توالى DNA در ميان ژن هاى به سرعت واگرا شونده مى توان براى تعيين فاصله ی ژنتيكى گروه هاى از نزديك خويشاوند باكترى ها، و از اختلافات توالى ميان ژن هاى خانه دارى براى سنجش روابط گروه هاى كاملاً واگراى باكترى ها استفاده نمود.

    ويژگى هاى ژنتيكى باكترى ها اجازه تبادل ژن ها را در بين ارگانيسمهاى از دور خويشاوند مى دهد. از سوى ديگر، تكثير باكترى ها تقريباً به طور كامل رويشى است، و مكانيسم هاى ژنتيكى آنها به ندرت درگير نوتركيبى در ميان بخش هاى وسيعى از ژنوم مى گردد (فصل 7 را ببینید). از اين رو، مفهوم گونه – يك واحد بنيادى از فيلوژنی يوكاريوتى – هنگامى كه براى باكترىها كاربردى شود، معناى كاملاً متفاوتى خواهد داشت.

    تنوع ژنتيكى قابل ملاحظه اى در ميان گونه های باكتریایی به چشم مى خورد. ويژگى نمايى شيميايى DNA ژنومى باكتريايى، طيف گسترده اى از تركيبات بازى را در ميان گونه هاى باكتريايى مختلف آشكار مى سازد. یک معیار، محتواى گوانين + سيتوزين (G+C) است. چنانچه محتوای G+C در دو گونه باکتریای متفاوت مشابه باشد، نشان از ارتباط تاکسونومیک  می دهد.

 

RNA ی ريبوزومى

ريبوزوم ها در سنتـز پروتئين براى تمام ارگانيـسم ها نقش حياتى دارند. توالى هاى ژنتيكى به رمز در آورنده ی RNA هاى ريبوزومى (rRNA) و پروتئين ها (كه هر دو برای تشكيل ريبوزوم عملكردى ضرورى اند) در طى روند تكامل بسيار حفظ شده اند و بسيار آهسته تر از ساير ژن هاى كروموزومى واگرا گشته اند. مقايسه توالى نوكلئوتيدى RNA ريبوزومى S 16  از انواعى از منابع بيولوژيكى، ارتباطات تكاملى ميان ارگانيسم هاى كاملاً واگرا را آشكـار ساخت و به روشـن شدن يـك سلسله جديد با نـام آركى باكترى ها انجاميد. شجره فيلوژنى (درخت تكاملى) بر اساس داده هاى RNA ی ريبوزومى (rRNA) انشعاب خانواده هاى باكترى ها، آركى ها و يوكاريوت ها را نشان  مى دهد، كه در شكل 3-3 به تصوير كشيده شده است. در اين شكل، سه دوميْن (حوزه) از حيات بيولوژيكى ديده مى شود. در اين طرح، دو سلسه ی يوباكترى ها (باكترى هاى حقيقى) و آركى باكترى ها متمايز از شاخه يوكاريوتى هستند.

 

آزمون هاى ايمونولوژيكى - سروتايپ ها - سروگروپ ها - سرووار ها - واژه «سِرو» - پلى كلونال يا مونو كلونال - ليپو پلى ساكاريد (LPS) - ساب تايپينگ - تعيين زير نوع - بيوتايپينگ - سروتايپينگ - آزمون حساسيت ضد ميكروبى - باكتريوفاژ تايپينگ - سروگروه هاى 1O و 139O - وباى اپيدميك (همه گير) - پاندميك (جهان گير) - كلرا توكسين (سم وبا) - ويرولانت بوده - غيرتوكسيژنيك - اسهال اسپوراديك (تك گير) - تعيين كلون - منبع يك شيوع (منبع نقطه اى انتشار) - كلونال (عيناً مشابه) - تكنولوژى هيبريدوما - فناورى دورگه سازى - توسعه آنتى بادى هاى مونو كلونال - تك دودمانى - نيسريا گونوره - شبه گونه ها (quasispecies) - ناپايدارى ژنتيكى - معيار تاكسونوميك - ژن هاى مقاومت آنتى بيوتيكى - ژن هاى به رمز درآورنده آنزيم ها - سنجش هيبريديزاسيون اسيد نوكلئيك - آناليز توالى DNA - سيستم هاى رده بندى - كليد های دوگانه - صفات باكتريايى - باكترى هاى ايجاد كننده پيگمان قرمز - سراشيا مارسسنس - باكترى هاى فتوسنتزى ارغوانى - كشت حاوى پيگمان قرمز - تاكسونومى عددى - numerical تاکسونومی - اپی - معیار های بیوشیمیایی - شاخص پروفـايل تحليلى - (Analytical Profile ایندکس - شناساگر بيوشيميايى - آزمون هاى API - تاكسونومى مبتنی بر اسيد نوكلئيك - تعيين توالى اسيد نوكلئيك - آناليز پروفايل پلاسميد - آناليز اندونوكلئاز تحديدى - آنالیز توالی تکراری - ريبوتايپينگ - تعیین توالی ژنومی - آناليز پلاسميد - پلاسميد - عناصر ژنتيكى خارج كروموزومى - الكتروفورز روى ژل آگاروز - شيوع در يك بيمارستان - اندونوكلئاز تحديدى - آنزيم هاى تحديدى - restriction enzymes - توالى هاى كوتاه DNA (توالى تحديدى) - ژل الكتروفورز با ميدان پالس دار - pulsed field gel electrophoresis - تايپ (تعيين نوع) - PFGE - ژن هاى خانه دارى - housekeeping genes - محتواى گوانين + سيتوزين (G+C) - ارتباط تاکسونومیک - RNA ريبوزومى - RNA هاى ريبوزومى - شجره فيلوژنى (درخت تكاملى) - يوباكترى ها (باكترى هاى حقيقى) - آناليز سادرن بلات - اِدوين مِلور سادِرن - هضم اندونوكلئاز تحديدى - قطعات تحديدىِ تفكيك يافته - غشاى نايلونى يا نيتروسلولزى - سادرن بلات - پلى مورفيسم ژن ها - طبقات و گروه هاى اصلى باكترى ها كتاب مبانى باكترى شناسى سازمان يافته برگى - يوباكترى هاى فاقد ديواره سلولى - مايكوپلاسما ها يا موليكوت ها - - يوباكترى هاى گرم منفى - - هاگدان ها - fruiting bodies - ميكسوسپور ها - ميكسوباكتريوم ها - باكترى هاى فتوتروف يا غير فتوتروف - انگل هاى درون سلولى اجبارى -

شكل 3-3. يك شجره ی فيلوژنى بر اساس داده هاى rRNA، كه انشعاب خانواده هاى باكترى ها، آركى ها و يوكاريوت ها را نشان مى دهد. گروه هاى شناخته شده ی اصلى باكترى هاى بيماري زا در زمينه خاكسترى رنگ ديده مى شوند.

 

    تکنیک آناليز سادِرن بِلات از روى ابداع كننده ی آن – اِدوين مِلور سادِرن – به عنوان يك شيوه ساب تايپينگ براى شناسايى جدا شده هاى مرتبط با شيوع ها مورد استفاده واقع شده است. در اين آناليز، نمونه هاى DNA ی    به دست آمده از جدا شده هاى باكتريايى هدف هضم اندونوكلئاز تحديدى قرار مى گيرند. پس از الكتروفورز روى ژل آگاروز، قطعات تحديدىِ تفكيك يافته به يك غشاى نايلونى يا نيترو سلولزى منتقل مى گردند. اين قطعات DNA ی دو رشتهاى نخست به توالى هاى خطى تك رشته اى تبديل مى شوند. با بهره گيرى از يك قطعه نشان دار شده ی DNA به عنوان پروب (كاوشگر)، امكان شناسايى قطعات تحديدى واجد توالى (لوكوس) هاى هومولوگ با پروب به واسطه مكمل شدن آنها با قطعات تك رشته اى وجود خواهد داشت (شكل 4-3).

    آنالیز سادرن بلات را می توان برای پی بردن به پلى مورفيسم ژن های rRNA، که در تمام باکتری ها حضور دارند، استفاده نمود. از آنجایی که توالی های ریبوزومی بسیار حفظ شده اند، می توان آنها را با پروب مشترک تهیه شده از rRNA ی S16 و S23 از یک یوباکتری، مورد شناسایی قرار داد (شکل 6-3 را ببینید). بسیاری از میکروارگانیسم ها کپی های متعددی (پنج تا هفت کپی) از این ژن ها را دارا هستند، که به الگو هایی با تعداد کافی از باند ها، جهت دستیابی به قدرت تمایزی خوب، می انجامد؛ با این وجود، برای بعضی از میکروارگانیسم ها، نظیر مایکوباکتریوم ها، که فقط یک کپی از این ژن ها را دارا می باشند، ریبوتایپینگ از ارزش محدودی برخوردار است.

 

توصيف طبقات و گروه هاى اصلى باكترى ها

كتاب مبانى باكترى شناسى سازمان يافته ی برگى

كتاب معتبر و كامل در خصوص سازماندهى تاكسونوميك باكترى ها، آخرين ويرايش كتاب مبانى باكترى شناسى سازمان يافته بِرگِى است. اين اثر، كه نخستين بار در سال 1923 به انتشار رسيد، به طور تاكسونوميك باكترى هاى شناخته شده اى كه كشت يا به خوبى توصيف شده اند و ساير باكترى ها را در قالب يك كليد رده بندى مى نمايد. يك كتاب همراه (كتاب مبانى  باكترىشناسى تشخيصی برگى) به عنوان راهنما در شناسايى آن دسته از باكترى هايى كه توصيف و كشت گرديده اند، به خدمت گرفته مى شود. باكترى هاى اصلى ايجاد كننده بيمارى هاى عفونى – همان طور كه در كتاب مبانى برگى طبقه بندى گشته اند – در جدول 3-3 ذكر گرديده اند. از آنجايى كه احتمالاً اطلاعات نوظهور با توجه به ارتباطات فيلوژنتيك، تغييراتى اضافى را در سازماندهى گروه هاى باكتريايى درون  كتاب مبانى برگى ايجاد خواهند كرد، كار بر روى اين كتاب بايد تداوم   داشته باشد.

 

شكل 4-3. روش سادرن بلات نشان مى دهد كه چگونه لوكوس هاى اختصاصى بر روى قطعات مجزا شده یDNA  مى توانند با يك پروب DNA ی              نشان دار آشكار گردند. اين روش در اصل اجازه ی تشخيص DNA را در سه سطح مى دهد : (1) در سطح شناسايى آنزيم تحديدى، (2) به واسطه                 اندازه ی قطعه DNA، و (3) توسط هيبريديزاسيون يك پروب DNA با يك لوكوس اختصاصى كه با يك باند اختصاصى در يك موقعيت اختصاصى از               غشا معين مى گردد.

شكل 4-3. روش سادرن بلات نشان مى دهد كه چگونه لوكوس هاى اختصاصى بر روى قطعات مجزا شده یDNA  مى توانند با يك پروب DNA ی  نشان دار آشكار گردند. اين روش در اصل اجازه ی تشخيص DNA را در سه سطح مى دهد : (1) در سطح شناسايى آنزيم تحديدى، (2) به واسطه اندازه ی قطعه DNA، و (3) توسط هيبريديزاسيون يك پروب DNA با يك لوكوس اختصاصى كه با يك باند اختصاصى در يك موقعيت اختصاصى از غشا معين مى گردد.

 

جدول 3-3. طبقات و گروه هاى اصلى باكترى هايى كه در انسان ها بيمارى ايجاد مى كنند، به عنوان بخشى از يك طرح شناسايى كه در كتاب مبانى باكترى شناسى تشخيص برگى (ويرايش نهم) توصيف شده است.

کتاب مبانی باکتری شناسی سازمان یافته برگی

I. يوباكترى هاى گرم منفى واجد ديواره سلولى

گروه 1 : اسپيروكت ها

ترپونما

بورليا

لپتوسپيرا

گروه 2 : باكترى هاى گرم منفى هوازى/ ميكروآئروفيل، مارپيچى/ انحنادار متحرك

كمپيلوباكتر

هليكوباكتر

اسپيريليوم

گروه 3 : باكترى هاى انحنا دار غير متحرك (ندرتاً متحرك)

هيچکدام

گروه 4 : باسيل ها و كوكوس هاى گرم منفى هوازى/ ميكروآئروفيل

آلكاليژنز

بوردتلا

بروسلا

فرانسيسلا

لژيونلا

موراكسلا

نيسريا

پسودوموناس

روكاليما

باكتروئيدز (برخى گونه ها)

گروه 5 : باسيل هاى گرم منفى بى هوازى اختيارى

اشريشياكولى (و باكترى هاى كولى فرم خويشاوند)

كلبسيئلا

پروتئوس

پروويدنيكا

سالمونلا

شيگلا

يرسينيا

ويبريو

هموفيلوس

پاستورلا

گروه 6 : باسيل هاى گرم منفى بى هوازى مستقيم، انحنادار، و مارپيچى

باكروئيدز

فوزوباكتريوم

پِرِوُتِلا

گروه 7 : باكترى هاى احيا كننده جذبى سولفات يا گوگرد

هيچكدام

گروه 8 : كوكوس هاى گرم منفى بى هوازى

هيچكدام

گروه 9 : ريكتسيا و كلاميديا

ريكتسيا

كوكسيئلا

كلاميديا

گروه 10  : باكترى هاى فتوتروفى غير اكسيژنى

هيچكدام

گروه 11 : باكترى هاى فتوتروفى اكسيژنى

هيچكدام

گروه 12 : باكترى هاى شيميو ليتوتروفى هوازى و ارگانيسم ها مختلف

هيچكدام

گروه 13 : باكترى هاى جوانه زن يا زائده دار

هيچكدام

گروه 14 : باكترى هاى غلاف دار

هيچكدام

گروه 15 : باكترى هاى سُر خورنده ی غير هاگدان دار، غير فتوسنتزى

كپنوسايتوفاژ

گروه 16 : باكترى هاى سر خورنده هاگدان دار : ميكسوباكتريوم ها

هيچكدام

II. باكترى هاى گرم مثبت واجد ديواره سلولى

گروه 17 : كوكوس هاى گرم مثبت

انتروكوكوس

پپتواسترپتوكوكوس

استافيلوكوكوس

استرپتوكوكوس

گروه 18 : باسيل ها و كوكوس هاى گرم مثبت اندوسپورساز

باسيلوس

كلستريديوم

گروه 19 : باسيل هاى گرم مثبت فاقد اسپور، منظم

اريسيپلوتريكس

ليستريا

گروه 20 : باسيل هاى گرم مثبت فاقد اسپور، نامنظم

اكتينومايسس

كورينه باكتريوم

موبيلونكوس

گروه 21 : مايكوباكتريوم ها

مايكوباكتريوم

گروه 29-22 : اكتينومايست ها

نوكارديا

استرپتومايسس

رودوكوكوس

III. يوباكترى هاى فاقد ديواره سلولى : مايكوپلاسما ها يا موليكوت ها

گروه 30 : مايكوپلاسما ها

مايكوپلاسما

اورهآ پلاسما

IV. آركى باكترى ها

گروه 31 : متانوژن ها

هيچكدام

گروه 32 : احياكنندگان آركيايى سولفات

هيچكدام

گروه 33 : آركى باكترى هاى به شدت هالوفيل

هيچكدام

گروه 34 : آركى باكترى هاى فاقد ديواره سلولى

هيچكدام

گروه 35 : متابوليزه كنندگان به شدت ترموفيل و هايپرترموفيل گوگرد

هيچكدام

 

    همچنان كه در فصل 2 بحث گرديد، دو گروه متفاوت از ارگانيسم هاى پروكاريوتى وجود دارد : يوباكترى ها و آركى باكترى ها. هر دو ارگانيسم هاي تك سلولى كوچكى اند كه به طور غير جنسى به تكثير مى پردازند. يوباكترىها به باكترى هاى كلاسيك اشاره دارند، كه به خوبى درك شده اند. آنها فاقد يك هسته حقيقى، داراى ليپيد هاى مشخصى كه غشاى آنها را مىسازد، واجد ديواره سلولى پپتيدوگليكان، و برخوردار از ماشين سنتز پروتئين و اسيد نوكلئيك كه مى تواند به طور انتخابى توسط عوامل ضد ميكروبى مهار گردد، هستند. در مقابل، آركى باكترىها فاقد ديواره سلولى ساخته شده از پپتيدوگليكان كلاسيك اند، و در بسيارى از خصوصيات (مانند ماشين سنتز پروتئين و همانندسازى اسيد نوكلئيك) به سلولهاى يوكاريوتى شباهت دارند.

 

يوباكترى ها

الف) يوباكترى هاى گرم منفى

اين دسته، گروهى ناهمگون از باكترى ها است كه دارای يك پوشش سلولى پيچيده (نوع گرم منفى) متشکل از غشاى خارجى، فضاى پرى پلاسمى با يك لايه نازك پپتيدوگليكان، و غشاى سيتوپلاسمى می باشد. حالت سلول (شكل 5-3) ممكن است كروى، بيضى، ميلهاى مستقيم يا انحنا دار، مارپيچى، يا رشته اى باشد؛ در برخى از اين اشكال ممكن است كپسول يا غلاف ديده شود. تكثير آنها به واسطه تقسيم دوتايى است، اما بعضى از گروه ها از راه جوانه زدن تكثير مى يابند. هاگدان ها (fruiting  bodies) و ميكسوسپور ها ممكن است توسط ميكسو باكتريوم ها ايجاد گردند. حركت - در صورت وجود - از طريق تاژك يا به واسطه سُر خوردن رخ مى دهد. اعضاى اين طبقه ممكن است باكترى هاى فتوتروف يا غير فتوتروف (فصل 5 را ببینید) و شامل گونه هاى هوازى، بى هوازى و بى هوازى اختيارى و ميكرو آئروفيل باشند؛ برخى اعضا از انگل هاى درون سلولى اجبارى به شمار مى روند.

 

يوباكترى هاى گرم مثبت - - گونه هاى باسيلوس و كلستريديوم - هتروتروف هاى شيميو سنتتيك - گونه هاى هوازى - بى هوازى - بى هوازى اختيارى - باكترى هاى ساده ی فاقد اسپور - باكترى هاى اسپور ساز - اكتينومايست هاى پيچيده - يوباكترى هاى فاقد ديواره سلولى - مايكوپلاسما - پيش ساز هاى پپتيدوگليكان - اشكال L - اشكال L يوباكتريايى - پلى مورفيك (چند شكلى) - اشكال وزيكول - كلنى هايى با حالت مشخص «تخم مرغ نيمرو شده» - موليكوت ها - كلسترول غير استرى شده - محيط هاى خشن آبى و خشكى - اكستريموفيل» (خشن دوست) - شيميو ليتوتروف - هتروتروف يا هتروتروف هاى اختيارى - مزوفيل (ميان دما دوست) - آركى باكترى هاى هايپرترموفيل (بسيار گرما دوست) - باكترى ترموس آكوآتيكوس Taq پليمراز - واكنش زنجيره اى پليمراز (PCR) - ليپيد هاى ايزوپرنوئيد دى اتر يا دى گليسرول تترا اتر تقسيم دوتايى، جوانه زدن، منقبض شدن - شناسايى ميكروارگانيسم هاى بيماري زا - rRNA در PCR - در محل (in situ) - استخراج DNA - تكنيك هاى ملكولىِ استاندارد - كتابخانه كلون - بازيابى اطلاعات توالى rRNA - آناليز مقايسه اى توالى هاى بازیابى شده - هيبريديزاسيون در محل - پروب هاى اختصاصى توالى - بيمارى آنژيوماتوز باسيلى - بارتونلا هنسله - پاتوژن فرصت طلب - پنوموسيستيس جيرووِسى

شكل 5-3. اشكال سلولى حاضر در ميان باكترى هاى حقيقىِ تك سلولى. A : كوكوس (كروى). B : باسيل (ميله اى). C : اِسپيرال (مارپيچى). ميكروسكوپ اختلاف فاز (×1500).

 

 ب) يوباكترى هاى گرم مثبت 

اين دسته از باكترى ها داراى ديواره سلولى نوع گرم مثبت هستند؛ سلول ها عموماً - اما نه هميشه - گرم مثبت رنگ مى گيرند. پوشش سلولى ارگانيسم هاى گرم مثبت از يك ديواره سلولى ضخيم كه شكل سلول را تعيين مى كند، و يك غشاى سيتوپلاسمى ايجاد مى شود. اين سلول ها ممكـن است كپسول دار باشند، و يـا به واسطه تـاژك حـركت نمـايند. سلول ها ممكن است به شكل كروى، ميله اى، يا رشته اى مشاهده گردند؛ اشكال ميله اى يا رشته اى ممكن است بدون شاخه يا داراى شاخه هاى حقيقى باشند. آنها عموماً از راه تقسيم دوتايى تكثير پيدا مى كنند. برخى باكترى ها در اين طبقه (مانند گونه هاى باسيلوس و كلستريديوم) اسپور مى سازند كه سلول در حال استراحتِ مقاوم نسبت به گند زدا ها است. یوباكترى هاى گرم مثبت معمولاً هتروتروف هاى شيميو سنتتيك (فصل 5 را ببینید) و شامل گونه هاى هوازى، بى هوازى، و بى هوازى اختيارى اند. گروه هاى درون اين طبقه، باكترى هاى ساده ی فاقد اسپور و باكترى هاى اسپور ساز، به علاوه اكتينومايست هاى پيچيده به لحاظ ساختارى و خويشاوندان آنها را در خود جاى مى دهند.

 

پ) يوباكترى هاى فاقد ديواره سلولى

اين ميكروارگانيسم ها فاقد ديواره سلولى اند (معمولاً مايكوپلاسما ناميده شده و رده موليكوت ها را ايجاد مى كنند) و پيش ساز هاى پپتيدوگليكان را سنتز نمى نمايند. آنها با يك غشاى واحد (غشاى پلاسمايى) محاط گشته اند (شكل 6-3). اين ارگانيسم ها به اشكال L كه مى تواند از گونه هاى متعدد باكتريايى (به ويژه يوباكترى هاى گرم مثبت) پديد آيد، شباهت دارند؛ اگرچه، مايكوپلاسما ها، برخلاف اشكال L، هيچگاه به حالت ديواره دار باز نمى گردند، و بين مايكوپلاسما ها و اشكال L يوباكتريايى ارتباطات آنتىژنيك ديده نمى شود.

    شش جنس بر پايه زيستگاه خود، با عنوان مايكوپلاسما ها (فصل 25 را ببینید) در نظر گرفته شده اند؛ هرچند تنها دو جنس داراى پاتوژن هاى انسانى هستند. مايكوپلاسما ها ارگانيسمهايى بسيار پلى مورفيك (چند شكلى) بوده، اندازه آنها بين اشكال وزيكول مانند تا اشكال بسيار كوچكِ قابل عبور از صافى (2/0 ميكرومتر) است (بدان معنا كه آنها آنچنان كوچك اند كه از ميان صافى هايى كه به طور معمول اكثر باكترى ها را به دام مى اندازند، عبور مى كنند). تكثير آنها ممكن است از راه جوانه زدن، قطعه قطعه شدن، يا تقسيـم دوتايى – به تنهايى يا در تركيب با هم – صورت گيـرد. بيشتر گونه ها براى رشد به يك محيط پيچيده نياز دارند، و بر روى محيط جامد، كلنى هايى با حالت مشخص «تخم مرغ نيمرو شده» را مى سازند. يك مشخصه ی منحصر به فرد موليكوت ها، نيازمندى برخى از جنس هاى آنها به كلسترول براى رشد است؛ كلسترولِ غير استرى شده، چنانچه در محيط حضور داشته باشد، يك تركيب منحصر به فرد هم در  گونههاى نيازمند به استرول و هم در گونه هاى غير نيازمند به آن محسوب مى شود.

 

آركى باكترى ها

اين ارگانيسم ها غالباً ساكنين محيط هاى خشن آبى و خشكى (واجد غلظت بالاى نمك، حرارت زياد، شرايط بى هوازى) هستند، و اغلب تحت عنوان «اكستريموفيل» (خشندوست) اشاره مى گردند؛ برخى از آنها به صورت همزيست در دستگاه گوارش حيوانات حضور دارند. آركى باكترى ها ارگانيسم هايى هوازى، بى هوازى و بى هوازى اختيارى اند كه شيميو ليتوتروف، هتروتروف يا هتروتروف هاى اختيارى مى باشند. بعضى از گونه ها مزوفيل (ميان دما دوست) بوده، در حالى كه سايرين قادرند در  حرارت هاى بيش از C°100 رشد نمايند. اين آركى باكترى هاى هايپرترموفيل (بسيار گرما دوست) منحصراً براى رشد و تكثير در دماى بالا سازش پيدا كردهاند. با اندك استثنائاتى، آنزيم هاى جدا شده از اين ارگانيسمها ذاتاً نسبت به همتا هاى آنها در ارگانيسم هاى مزوفيلى، پايدارى حرارتى بيشترى دارند. تعدادى از اين آنزيم هاى پايدار در برابر حرارت، نظير  DNAپليمراز باكترى ترموس آكوآتيكوس (Taq پليمراز) از اجزاى مهم در واكنش زنجيره اى پليمراز (PCR) به حساب مى آيند.

    آركى باكترى ها را مى توان تا اندازه اى به واسطه فقدان ديواره سلولى پپتيدوگليكان، دارا بودن ليپيد هاى ايزوپرنوئيد دى اتر يا دى گليسرول تترا اتر، و توالى هاى مشخصRNA  ی ريبوزومى از يوباكترى ها تميز داد. آركى باكترى ها همچنين در برخى از جنبه هاى مولكولى با يوكاريوت ها اشتراك دارند (جدول 4-3). سلول ها ممكن است داراى تنوعى از اشكال، شامل كروى، مارپيچى، مسطح يا ميله اى باشند. اشكال تك سلولى و تك سلولى ها در كنار هم به صورت رشته ها يا تجمعات نيز ديده مى شوند. تكثير آنها از راه تقسيم دوتايى، جوانه زدن، منقبض شدن، يا مكانيسم هاى ناشناخته ی ديگر صورت مى پذيرد.

 

شكل 6-3. ريزنگار الكترونى از سلول هاى يك عضو از گروه مايكوپلاسما، عامل پنومونى نايژه در موش صحرايى یا رَت (×1960).

شكل 6-3. ريزنگار الكترونى از سلول هاى يك عضو از گروه مايكوپلاسما، عامل پنومونى نايژه در موش صحرايى یا رَت (×1960).

 

جدول 4-3. ويژگى هاى كليدى مشترك آركى باكترى ها و سلول هاى يوكاريوتى، كه يوباكترى ها فاقد آن هستند.

ويژگى

يوباكترى ها

آركى باكترى ها و يوكاريوت ها

فاكتور طويل سازى 2 (2-EF) اسيد آمينه ی ديفتاميد داشته و بنابراين توسط توكسين ديفترى ADP  - ريبوزيله مى گردد

-

+

 

tRNA آغازى ميتونيل، فورميله نيست

ـ

+

برخى ژن هاى tRNA انترون دارند

ـ

+ در يوكاريوت ها

سنتز پروتئين توسط آنيزومايسين مهار مى گردد، اما توسط كلرامفنيكل مهار نمى شود

ـ

+

RNA پليمراز هاى وابسته به DNA آنزيم هايى چند جزئى و غير حساس به آنتى بيوتيك هاى ريفامپين و استرپتومايسين هستند

ـ

 

+

 

RNA پليمراز هاى وابسته به DNA آنزيم هايى چند جزئى و غير حساس به آنتىبيوتيك هاى ريفامپين و استرپتوليديگين هستند

ـ

+

 

 

شيوه هاى غير كشت براى شناسايى ميكروارگانيسم هاى بيماري زا

كوشش ها در جهت برآورد تعداد كل باكترى ها، آركى باكترى ها و ويروس ها، به دليل دشوارى هايى نظير يافت و برداشت از محيط، به نتيجه نرسيده است. همچنان که پیشتر اشاره شد، تخمين ها حاكى از آن است كه شمار تاكسون هاى ميكروبىِ كشت نشده به مراتب بيشتر از ارگانيسم هايى است كه كشت گرديده اند. ارزيابى هاى اخير پيشنهاد مى نمايند كه تعداد گونه هاى باكتريايى در جهان بين 107 و 109 است. تا اين اواخر، شناسايى ميكروبى نيازمند جدا سازى كشت هاى خالص (يا در برخى موارد كشت هاى همزمان) و متعاقب آن، آزمايش براى صفات متعدد فيزيولوژيكى و بيوشيميايى بود. پزشكان بالينى مدت ها از بيمارى هاى انسانى اى آگاهى داشتند كه توسط ميكروارگانيسمهاى قابل مشاهده اما غير قابل كشت ايجاد مى گرديدند. اكنون، دانشمندان با به كارگيرى rRNA در PCR، ميكروارگانيسم هاى بيماري زا را در محل (in situ) شناسايى  مى كنند. مرحله ی نخست اين روش شامل استخراج DNA از يك نمونه ی مناسب، استفاده از تكنيك هاى ملكولىِ استاندارد براى به دست آوردن كتابخانه كلون، بازيابى اطلاعات توالى rRNA، و آناليز مقايسه اى توالى هاى بازیابى شده است. اين روش، اطلاعات را بر اساس همانندى يا خويشاوندى توالى ها در مقايسه با پايگاه داده ی موجود، در اختيار مى گذارد. در مرحله دوم، مدركى مبنى بر اينكه اين توالى ها از سلول هاى حاضر در نمونه ی اصلى هستند، به واسطه هيبريديزاسيون در محل با استفاده از پروب هاى اختصاصىِ توالى به دست مى آيد. اين روش در شناسايى ميكروارگانيسم هاى بيماري زا استفاده شده است. براى مثال، پاتوژن سابقاً ناشناخته اى كه با عنوان باكترى ميلهاى شكل مرتبط با بيمارى ويپِل شناسايى مى شد، اكنون نام تروفريما ويپلِئى براى آن تعيين شده است. اين روش rRNA همچنين براى شناسايى عامل بيمارى آنژيوماتوز باسيلى به عنوان بارتونلا هِنسلِه و نشان دادن اين كه پاتوژن فرصت طلب پنوموسيستيس جيرووِسى عضوى از قارچ ها است، به كار رفته است.

 

اهداف

  1. درک اینکه چگونه واژگان تاکسونومی برای ارتباط برقرار کردن با علم بیماری های عفونی بسیار مهم اند.
  2. دانستن طبقات تاکسونومیک.
  3. درک خصوصیات رشد، بیوشیمیایی، و ژنتیکی ای که در تمایز باکتری ها استفاده می شوند.
  4. درک اختلافـات میـان یوباکتری هـا، آرکی باکتری هـا، و یوکاریوت ها.
  5. آگاه شدن از ابزار هـای مختلف در تاکسونومی مبتنی بر اسید نوکلئیک.

 

پرسش هاى مرورى

1. يوباكترى هايى كه فاقد ديواره سلولى بوده و پيش ساز هاى پپتيدوگليكان را سنتز نمى نمايند، چه نام دارند؟

الف) باكترى گرم منفى

ب) ويروس

پ) مايكوپلاسما

ت) واريانت سرووار

ث) باسيل

 

2. آركى باكترى ها به واسطه فقدان كدام ساختار مى توانند از يوباكترى ها  باز شناخته شوند؟

الف) DNA

ب) RNA

پ) ريبوزوم

ت) پپتيدوگليكان

ث) هسته

 

3. يك بيمار 16 ساله مبتلا به سيستيك فيبروزيس در يك بيمارستان بسترى شده است. كشت خلط او بورخولدريا سپاسيا را نشان مى دهد. متعاقباً، دو بيمار با باكتريمى بورخولدريا سپاسيا وجود دارند، و اين ارگانيسم از نمونه خلط چهار بيمار ديگر كشت داده مى شود. در جريان اين شيوع ِبيمارستانىِ بورخورلدريا سپاسيا، 50 جدا شده ی محيطى و هفت جدا شده از بيمار، به منظور شناسايى منبع شيوع، ساب تايپ مى گردند. كدام يك از تكنيك هاى زير مىتواند در اين تلاش سودمند تر باشد؟

الف) كشت

ب) ريبوتايپينگ

پ) تعيين توالى rRNAى S 16

ت) آزمون حساسيت ضد ميكروبى

ث) تعيين توالى اسيد نوكلئيك

 

4. يك ميكروارگانيسم گرم مثبتِ غير قابل كشت در نمونه هاى بافتى به دست آمده از بيمارانِ مبتلا به يك بيمارىِ پيش از اين توصيف نشده، مشاهده گرديده است. كدام يك از تكنيك هاى زير مى تواند در شناسايى اين ارگانيسم سودمند تر باشد؟

الف) سرولوژى

ب) تقويت PCR و تعيين توالى ژن هاى rRNA

پ) الكتروفورز آنزيمى چند لوكوسى

ت) الكتروفورز روى ژل پلىآكريل آميد - SDS

ث) ژل اكتروفورز با ميدان پالس دار

 

5. DNA پليمراز به دست آمده از ترموس آكوآتيكوس يكى از اجزاى مهم در شيوه هاى تقويت DNA، نظير واكنش زنجيره اى پليمراز، مى باشد. اين ارگانيسم قادر است در دما هاى بالاتر از C°100 رشد نمايد. ارگانيسم هايى كه از توانايى رشد در چنين دما هايى برخوردار اند، تحت چه عنوانى اشاره مىگردند؟

الف) مزوفيل

ب) سايكروفيل

پ) هالوفيل

ت) ترموفيل

ث) شيميو ليتوتروف

 

پاسخ ها

1- پ

2- ت

3- ث

4- ب

5 - ت

 

 


برای مطالعه سایر فصل های کتاب میکروب شناسی پزشکی جاوتز (جهاندیده و جهاندیده) بر روی فهرست کتاب کلیک نمائید.

 


رده بندى باكترى ها , تاكسونومى , واژه نامه ميكروب شناسى پزشكى , تنوع پاتوژن هاى پزشكى , كاوشگر هاى ملكولى , كلونيزاسيون , تاكسونومى , رده بندى شناسى , دانش رده بندى , لغت يونانى تاكسون , شناسايى (identification) , رده بندى (classification) , نامگذارى (nomenclature) , مورفولوژيكى , سندرم ادرار خونى (HUS) , واكنش پذيرى آنتى بادى , آنتى ژن هاى O و H , اشريشياكولى 7H:157O , تاكسونومى تكاملى ميكروارگانيسم هاى عفونى , طبقات تاكسونوميك , سازمان بندى باكترى ها , تاكسونومى لينه , طبقات تاكسونوميك رسمى , سلسله (kingdom) , شاخه (phylum) , رده (class) , راسته (order) , خانواده (family) , جنس (genus) , گونه (species) , رشد بر روى محيط , , محيط هاى باكتريولوژيكى , پاتوژن هاى باكتريايى , نوتريئنت هاى متابوليكى , محيط هاى پيچيده (complex media) , محيط هاى غير انتخابى (nonselective) , محيط هاى انتخابى (selective) , بلاد آگار , شكلات آگار , آزيد سديم , نمك هاى صفراوى , داكسى كولات سديم , كليستين , ناليديكسيك اسيد , مك كانكى آگار , CNA بلاد آگار , محيط هاى افتراقى , هاله هاى هموليز , سالمونلا و شيگلای پاتوژن , پليت مككانكى آگار , محيط هاى افتراقى (differential media) , باكترى هـاى حقيقى(يوباكترى ها) , آزمون هاى بيوشيميايى , آزمون اكسيداز, سيتوكروم C , آزمون کوآگولاز , کوآگولاز مثبت , کوآگولاز منفی , تجزیه هیدرات کربن , تولید کاتالاز , آنزیم کاتالاز, پراکسید هیدروژن , استفاده از سیترات , سیترات مثبت نامیده می شوند. کوآگولاز , آنزیم کوآگولاز , فاکتور پلاسما , فیبرینوژن , لخته فیبرین , دکربوکسیلاز ها و دآمیناز ها , کربوکسیلاسیون و دآمیناسیون , سولفید هیدروژن , تولید S2H , ترکیبات گوگرد دار , اندول , واکنش اندول , احیای نیترات , , شکستن O, نیترو فنیل , β, D, گالاکتوزید (ONPG) , آزمون ONPG , تخمیر لاکتوز , β, گالاکتوزید , پرمئاز , ONPG مثبت , لاکتوز منفی , تولید اکسیداز , آزمون های اکسیداز جزء c از کمپلکس سیتوکروم, اکسیداز , تولید پروتئیناز , فعالیت پروتئیناز , تولید اوره آز , اوره آز اوره , آزمون ووگس, پروسکوئر , استیل متیل کاربینول استوئین , مسیر بوتن گلیکول , تخمیر گلوکز , آزمون هاى ايمونولوژيكى , سروتايپ ها , سروگروپ ها , سرووار ها , واژه «سِرو» , پلى كلونال يا مونو كلونال , ليپو پلى ساكاريد (LPS) , ساب تايپينگ , تعيين زير نوع , بيوتايپينگ , سروتايپينگ , آزمون حساسيت ضد ميكروبى , باكتريوفاژ تايپينگ , سروگروه هاى 1O و 139O , وباى اپيدميك (همه گير) , پاندميك (جهان گير) , كلرا توكسين (سم وبا) , ويرولانت بوده , غيرتوكسيژنيك , اسهال اسپوراديك (تك گير) , تعيين كلون , منبع يك شيوع (منبع نقطه اى انتشار) , كلونال (عيناً مشابه) , تكنولوژى هيبريدوما , فناورى دورگه سازى , توسعه آنتى بادى هاى مونو كلونال , تك دودمانى , نيسريا گونوره , شبه گونه ها (quasispecies) , ناپايدارى ژنتيكى , معيار تاكسونوميك , ژن هاى مقاومت آنتى بيوتيكى , ژن هاى به رمز درآورنده آنزيم ها , سنجش هيبريديزاسيون اسيد نوكلئيك , آناليز توالى DNA , سيستم هاى رده بندى , كليد های دوگانه , صفات باكتريايى , باكترى هاى ايجاد كننده پيگمان قرمز , سراشيا مارسسنس , باكترى هاى فتوسنتزى ارغوانى , كشت حاوى پيگمان قرمز , تاكسونومى عددى , numerical تاکسونومی , اپی , معیار های بیوشیمیایی , شاخص پروفـايل تحليلى , (Analytical Profile ایندکس , شناساگر بيوشيميايى , آزمون هاى API , تاكسونومى مبتنی بر اسيد نوكلئيك , تعيين توالى اسيد نوكلئيك , آناليز پروفايل پلاسميد , آناليز اندونوكلئاز تحديدى , آنالیز توالی تکراری , ريبوتايپينگ , تعیین توالی ژنومی , آناليز پلاسميد , پلاسميد , عناصر ژنتيكى خارج كروموزومى , الكتروفورز روى ژل آگاروز , شيوع در يك بيمارستان , اندونوكلئاز تحديدى , آنزيم هاى تحديدى , restriction enzymes , توالى هاى كوتاه DNA (توالى تحديدى) , ژل الكتروفورز با ميدان پالس دار , pulsed field gel electrophoresis , تايپ (تعيين نوع) , PFGE , ژن هاى خانه دارى , housekeeping genes , محتواى گوانين + سيتوزين (G+C) , ارتباط تاکسونومیک , RNA ريبوزومى , RNA هاى ريبوزومى , شجره فيلوژنى (درخت تكاملى) , يوباكترى ها (باكترى هاى حقيقى) , آناليز سادرن بلات , اِدوين مِلور سادِرن , هضم اندونوكلئاز تحديدى , قطعات تحديدىِ تفكيك يافته , غشاى نايلونى يا نيتروسلولزى , سادرن بلات , پلى مورفيسم ژن ها , طبقات و گروه هاى اصلى باكترى ها كتاب مبانى باكترى شناسى سازمان يافته برگى , يوباكترى هاى فاقد ديواره سلولى , مايكوپلاسما ها يا موليكوت ها , , يوباكترى هاى گرم منفى , , هاگدان ها , fruiting bodies , ميكسوسپور ها , ميكسوباكتريوم ها , باكترى هاى فتوتروف يا غير فتوتروف , انگل هاى درون سلولى اجبارى , يوباكترى هاى گرم مثبت , , گونه هاى باسيلوس و كلستريديوم , هتروتروف هاى شيميو سنتتيك , گونه هاى هوازى , بى هوازى , بى هوازى اختيارى , باكترى هاى ساده ی فاقد اسپور , باكترى هاى اسپور ساز , اكتينومايست هاى پيچيده , يوباكترى هاى فاقد ديواره سلولى , مايكوپلاسما , پيش ساز هاى پپتيدوگليكان , اشكال L , اشكال L يوباكتريايى , پلى مورفيك (چند شكلى) , اشكال وزيكول , كلنى هايى با حالت مشخص «تخم مرغ نيمرو شده» , موليكوت ها , كلسترول غير استرى شده , محيط هاى خشن آبى و خشكى , اكستريموفيل» (خشن دوست) , شيميو ليتوتروف , هتروتروف يا هتروتروف هاى اختيارى , مزوفيل (ميان دما دوست) , آركى باكترى هاى هايپرترموفيل (بسيار گرما دوست) , باكترى ترموس آكوآتيكوس Taq پليمراز , واكنش زنجيره اى پليمراز (PCR) , ليپيد هاى ايزوپرنوئيد دى اتر يا دى گليسرول تترا اتر تقسيم دوتايى، جوانه زدن، منقبض شدن , شناسايى ميكروارگانيسم هاى بيماري زا , rRNA در PCR , در محل (in situ) , استخراج DNA , تكنيك هاى ملكولىِ استاندارد , كتابخانه كلون , بازيابى اطلاعات توالى rRNA , آناليز مقايسه اى توالى هاى بازیابى شده , هيبريديزاسيون در محل , پروب هاى اختصاصى توالى , بيمارى آنژيوماتوز باسيلى , بارتونلا هنسله , پاتوژن فرصت طلب , پنوموسيستيس جيرووِسى

نام و نام خانوادگی:
متن:
تصویر:

نظرات و پیشنهادات

عضویت در سایت

پشتیبانی آنلاین

نام و نام خانوادگی:
پست الکترونیک:
متن:

نام کاربری:
کلمه عبور:
کلمه عبور را بخاطر بسپار
کلمه عبور خود را فراموش کرده ام
عضویت در سایت

نام و نام خانوادگی:
پست الکترونیک:
شماره موبایل:
گفتگو با:


کتاب دانلود : دانلود کتاب های علمی و دانشگاهی روز دنیا. هرگونه کپی برداری از محتوا، قالب، و طرح های به کار رفته در این سایت شرعا و قانونا ممنوع می باشد، و پیگرد قانونی دارد.